Das Gut Niendorf wurde seit 1786 von Carl August Heuckendorff gepachtet. Um 1911 wird Hans-Werner von Brandenstein als Besitzer genannt. Niendorf befand sich bis 1945 im Besitz der Familie von Brandenstein, die zuletzt auch das Lehensgut Grambow bei Schwerin bewirtschaftete. Zwischen 1906 und 1941 wirtschaftete Joachim Freiherr von Brandenstein auf Niendorf. Er studierte Jura, war in der Domanialverwaltung des Amtes Wittenburg tätig und arbeitete zwischen 1900 und 1906 im Staatsministerium Schwerin. Von 1906 bis 1918 war Brandenstein Minister am Preußischen Hof und Bundesratsbevollmächtigter beider Länder Mecklenburg. 1924 wurde er Ministerpräsident in Mecklenburg-Schwerin innerhalb einer deutschnationalen Regierung und übte dieses Amt zwei Jahre lang aus. Während des Kapp-Putsches wurden auf Niendorf kommunistische Landarbeiter ermordet, woran eine Gedenktafel am Gutshaus erinnert. Herrenhaus Niendorf ist ein streng wirkender Repräsentationsbau aus rotem und gelbem Backstein, wie er nach der Reichsgründung 1871 und durch die Ausstrahlung vom kaiserlichen Berlin auch in Mecklenburg häufig gebaut wurde. Gegenwärtig wird das Haus, das seit Jahren leer steht, renoviert.
Niendorf ist Bestandteil des Wochenkalenders 2012
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